Musée de Pr. Józef Jarzębowski est situé dans la partie arrière de la basilique. La collection du musée comprend, entre autres Estampes anciennes polonaises et étrangères du XVIe au XVIIIe siècle, lettres royales et autographes, manuscrits d'écrivains polonais de l'époque du romantisme, du positivisme et de la Jeune Pologne. Une place importante dans la collection du musée est occupée par l'une des plus grandes collections de Pologne concernant le soulèvement de janvier. Deux collections d'armes blanches - européennes et orientales, une collection de peintures à l'huile de maîtres européens des XVIIe et XVIIIe siècles, des bulles papales, des documents royaux de Władysław Jagiełło à Stanisław August Poniatowski, des souvenirs de prisonniers des camps de travail soviétiques et des camps nazis sont particulièrement précieux.