Museo di FR. Józef Jarzębowski si trova nella parte posteriore della basilica. La collezione del museo comprende, tra gli altri Stampe antiche polacche e straniere dal XVI al XVIII secolo, lettere reali e autografi, manoscritti di scrittori polacchi dell'era del Romanticismo, del positivismo e della Giovane Polonia. Un posto importante nella collezione del museo è occupato da una delle più grandi collezioni in Polonia relative alla rivolta di gennaio. Particolarmente preziose sono due collezioni di armi bianche - europee e orientali, una collezione di dipinti ad olio di maestri europei del XVII e XVIII secolo, documenti reali, cimeli dei prigionieri dei campi di lavoro sovietici e dei campi nazisti.

Museo di FR. Józef Jarzębowski ha iniziato la sua attività il 2 luglio 2010. Si trova su due piani nella parte settentrionale della basilica. Il museo è suddiviso tematicamente. Un piano è occupato da mostre dedicate alla storia della Polonia, e l'altro è un tesoro di libri antichi, una sala di arte sacra, nonché una galleria di grafica e disegni.

Museo di Józef Jarzębowski a Licheń è una continuazione del Museo presso la Congregazione dei Padri Mariani di Bielany a Varsavia, fondato nel 1925, trasferito dopo la seconda guerra mondiale a Fawley Court in Gran Bretagna, dove ha operato dal 1953 al 2006.