Święty Jan Paweł II przyleciał helikopterem 6 czerwca 1999 r., wieczorem ok. godz. 21.00. Następnego dnia odleciał do Bydgoszczy i Torunia, by wieczorem wrócić na nocleg do Lichenia. Specjalnie na jego wizytę wybudowano dom papieski. Nowy budynek połączono z istniejącym domem zakonnym. Apartamenty do dyspozycji Ojca Świętego mają powierzchnię 57,7 m²  i są złożone z pięciu pomieszczeń: jadalni, kaplicy, salonu, sypialni i łazienki. Pozostałe pomieszczenia zostały przeznaczone dla osób z bliskiego otoczenia Ojca Świętego.

W pierwszym pomieszczeniu (jadalni) znajduje się obecnie biblioteka i są tutaj zgromadzone pamiątki wiązane z Papieżem, a mianowicie: książki, które napisał Ojciec Święty, stuła, którą miał na sobie podczas nabożeństwa w Licheniu, piuska papieska z jego własnoręcznym podpisem, a także kielich, patena i różaniec (obecnie te trzy pamiątki znajdują się w bazylice dolnej, w kaplicy św. Jana Pawła II). Są też okolicznościowe medale, banknoty, monety, stemple i znaczki pocztowe, zdjęcia.

Sercem apartamentów papieskich jest z pewnością kaplica. To tutaj na noc z 7 na 8 czerwca przyniesiono cudowny obraz Matki Bożej Licheńskiej, aby Ojciec Święty mógł się przed nim pomodlić. Obecnie znajduje się tam kopia licheńskiego wizerunku. Na środku kaplicy stoi biały klęcznik z drewna brzozowego, ozdobiony herbem papieskim. Przy nim znajduje się mała, drewniana kapliczka. W czasie wizyty Ojca Świętego umieszczono w niej tabernakulum z Najświętszym Sakramentem. Na ścianach zawieszono stacje Drogi Krzyżowej, malowane na szkle w stylu góralskim.

W salonie znajdują się m.in. kanapa, dwa fotele, ława, biurko z krzesłem i szafki. Meble wykonane są z ciemnego, litego drewna dębowego, bez użycia gwoździ. Są darem od firmy „Ludwik Styl” z Rogoźna Wielkopolskiego. Na masywnym biurku stoi zdjęcie małego Karolka z mamą.

W sypialni jest łóżko, szafa i komoda. Nad łóżkiem umieszczony jest dębowy krzyż. Na komodzie stoją dwa zdjęcia: jedno ukazuje Karola Wojtyłę w dniu Pierwszej Komunii Świętej, a drugie – młodego księdza Wojtyłę podczas golenia na obozie wakacyjnym z młodzieżą. Nad komodą wiszą trzy zdjęcia gór, tak bardzo ukochanych przez św. Jana Pawła II.

Zachęcamy, aby w czasie zwiedzania polecać swe intencje Świętemu Papieżowi.