Kościół górny

Wejście główne do świątyni prowadzi przez kruchtę III Tysiąclecia. W kruchcie  znajdują się witraże poświęcone Trójcy Świętej. Tryptyk po obu stronach łączą sceny ze Starego Testamentu, natomiast dół zdobią aniołowie.

Przy tworzeniu elementów dekoracyjnych świątyni czerpano wzory z polskiej przyrody i polskiej tradycji. Kłosy zbóż, polskie kwiaty i rosnące w Polsce drzewa to motywy, które nieustannie przewijają się w licheńskiej bazylice. Na ścianach zauważalne są ozdobne elementy architektoniczne, których zdobnictwo zostało zaczerpnięte z wzorów na pasach słuckich, które noszono do kontusza od XVII w. Kolumny w prezbiterium mają wyjątkowe głowice. Przedstawiają one charakterystyczne polskie kwiaty. Wśród nich dominują maki, malwy, irysy i mniszki lekarskie. Łącznie kwiaty te tworzą bukiet składany w hołdzie Najświętszej Maryi Pannie.
Świątynia ozdobiona jest niezwykle bogato. Ściany w wielu miejscach pokryte są freskami i malowidłami o tematyce religijnej.

Prezbiterium

Po wejściu do świątyni wyłania się ozdobiona pięknymi freskami ściana prezbiterium z ołtarzem głównym. Freski te przedstawiają anioły adorujące Matkę Bożą.

Ołtarz główny stoi na podwyższeniu, wykonany został z marmuru. Za ołtarzem znajduje się konfesja w kształcie baldachimu podtrzymywanego przez kręcone złote kolumny, ozdobione winnymi gronami.

W górnej części konfesji czuwają marmurowe anioły.

Nad ołtarzem dostrzegamy Tryptyk Maryjny: Zwiastowanie Najświętszej Maryi Pannie, Pokłon Trzech Króli i Ukoronowanie Matki Bożej na Królową Nieba i Ziemi.

Nad konfesją ołtarza, w zależności od okresu liturgicznego, zawieszane są różne obrazy. Na przykład w adwencie obraz ukazujący scenę Zwiastowania. Pod baldachimem konfesji umieszczono tabernakulum. Czerwone światła lamp, które wiszą po obu stronach prezbiterium, przypominają o obecności Najświętszego Sakramentu. Tutaj przyklękają pielgrzymi, by adorować Jezusa Chrystusa 

obecnego w Najświętszym Sakramencie i oddać cześć Matce Bożej, której Cudowny wizerunek umieszczony jest nad tabernakulum. Obraz chronią specjalne zasłony. Jedna przedstawia scenę z objawienia Matki Bożej Mikołajowi Sikatce, a druga Zesłanie Ducha Świętego. Powyżej obrazu znajduje się złota królewska korona. Całość otoczona jest bogato zdobionymi złotymi ramami. Nad Cudownym Wizerunkiem widoczne są słowa: „Królowo Polski udziel pokoju dniom naszym”.

W bazylice licheńskiej pielgrzymi, chcąc oddać cześć Matce Bożej, obchodzą dookoła ołtarz z Jej Cudownym Wizerunkiem. Ten znak czci dla Matki Bożej łączą z intencją, z którą przybywają do Sanktuarium.

Na ścianie centralnej prezbiterium, wysoko nad ołtarzem, umieszczone są słowa "Jestem który Jestem". Nawiązują one do imienia Boga objawionego Mojżeszowi. Niżej znajduje się tekst najstarszej polskiej pieśni maryjnej pochodzącej z XII wieku - „Bogurodzicy”.

Po lewej i prawej stronie centralnej ściany prezbiterium umieszczone są gabloty z wotami. Wielka liczba wotów świadczy o licznych łaskach uzyskanych przez pielgrzymów za pośrednictwem Matki Bożej Licheńskiej.

Piękno świątyni podkreśla marmurowa posadzka. Niezwykła harmonia barw i sposób dekoracji powodują wrażenie trójwymiarowości i lekkości wnętrza świątyni. W pobliżu prezbiterium, w samym sercu świątyni, dosłownie pod kopułą, w marmurową posadzkę wkomponowano okrągłą, składającą się z czterdziestu tysięcy elementów, barwną mozaikę. Pięknie ukazano na niej mapę Polski, na której przedstawione są symbolicznie trzy świątynie wota:  Najświętszej Maryi Panny Licheńskiej, Opatrzności Bożej w Warszawie (Wilanów), Miłosierdzia Bożego w Krakowie (Łagiewniki).

Tuż przed prezbiterium, na posadzce, jest piękna mozaika układająca się w postać pelikana z trzema pisklętami. Ptak rozrywa dziobem własną pierś, aby nakarmić swoje młode. Całkowicie pochłania go miłość do swoich piskląt, nie zważa na siebie, liczy się tylko dobro jego dzieci. Mozaika symbolizuje Chrystusa karmiącego nas swoim Ciałem. Pelikan już w średniowieczu stał się symbolem ofiarnej śmierci Jezusa Chrystusa. Od tamtej pory często pojawia się w kościołach, szczególnie w scenach ukrzyżowania, nad ukrzyżowanym Zbawicielem i na drzwiach tabernakulum.

Nawy boczne

Wysokość nawy głównej ma 44 metry, natomiast szerokość, łącznie z kaplicami bocznymi wynosi 77 metrów. W zachodniej części świątyni dominują organy usytuowane nad ołtarzem Golgoty. W ołtarzu - marmurowa figura Chrystusa na krzyżu z czarnego dębu. Jest to włoska rzeźba pochodząca z kolekcji „Fidias” z Werony. Wykonana jest z marmuru pochodzącego z Carrary. Nazwę ołtarza zaczerpnięto od kamienia z Golgoty, który jest umieszczony w ołtarzu. Ofiarowali go świątyni w Licheniu franciszkanie z Ziemi Świętej. Przed krzyżem nie odbywają się oficjalne nabożeństwa, ale mimo to liczni pielgrzymi klękają i zatapiają się w modlitwie.

Na pozostałych dwóch ścianach transeptu zachodniego znajdują się freski. Po lewej stronie od krzyża fresk ukazujący koronację Cudownego Obrazu, która miała miejsce 15 sierpnia 1967 r. Natomiast po prawej stronie przedstawiona jest scena chrztu Mieszka I – pierwszego władcy państwa polskiego, który odbył się w 966 r.

W transepcie wschodnim znajdują się liczne kaplice poświęcone świętym i

błogosławionym. Pielgrzymi chętnie je odwiedzają, zastanawiając się nad ich przesłaniem bądź też polecając Bogu za wstawiennictwem świętych Patronów swoje intencje.

W nawie wschodniej podziwiać można sześć kaplic bocznych. Są to: kaplica św. Jadwigi Królowej, Świętej Rodziny, Mariańska, Dusz Czyśćcowych, Świętego Franciszka z Asyżu, św. Michała Archanioła.

Jako pierwsza widoczna jest Kaplica św. Jadwigi z jej relikwiami. Kaplica ma za zadanie przypominać o tym, jak ważne jest poświęcenie w służbie Bogu i ludziom. Zgromadzenie Sióstr Świętej Jadwigi Królowej Służebnic Chrystusa Obecnego (sióstr jadwiżanek) z Krakowa ofiarowało relikwiarz koronacyjny królowej Jadwigi. Główny obraz w kaplicy przedstawia królową modlącą się u stóp krucyfiksu przed podjęciem decyzji o chrzcie Litwy. Jest to nawiązanie do mądrości i poczucia odpowiedzialności królowej Jadwigi pełnej poświęcenia zarówno dla Kościoła, jak i Ojczyzny. Jej postawa jest wzorem, jak służyć Bogu i ludziom, a także Ojczyźnie. W kaplicy znajduje się  również panorama Krakowa z czasów królowej Jadwigi.

Kaplica św. Rodziny podkreśla wartość rodziny jako podstawowej komórki społecznej. Poświęcona jest Jezusowi, Maryi i Józefowi. Nawiązuje do miłości, będącej podstawą w życiu rodzinnym oraz najważniejszą cnotą chrześcijańską. Kaplicę zdobi fresk przedstawiający wesele w Kanie Galilejskiej. Znajduje się w niej również kopia mozaiki rzymskiej pt.: „Maryja – Matka Kościoła”.

Kaplica Mariańska jest kaplicą opiekunów Sanktuarium; jej celem jest zachęta do zastanowienia się nad powołaniem do życia w zakonie. W Kaplicy Mariańskiej znajdują się trzy rzeźby przedstawiające uosobienie trzech cnót zakonnych: czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Jest w niej również obraz przedstawiający marianów (błogosławionych i Sług Bożych) oddających cześć Najświętszej Maryi Pannie.

Po przeciwnej stronie usytuowana jest Kaplica Dusz Czyśćcowych. Przypomina ona o konieczności modlitwy za zmarłych. Znajduje się w niej obraz przedstawiający  założyciela marianów - błogosławionego ojca Stanislawa Papczyńskiego modlącego się za dusze czyśćcowe. Stanowi on nawiązanie do jednego z charyzmatów Zgromadzenia Księży Marianów, jakim jest wstawiennictwo za cierpiącymi w czyśćcu. Jest w niej też rzeźba pt. „Ulżyj mym cierpieniom”. Symbolizuje ona prośbę dusz czyśćcowych o modlitwę wstawienniczą.

W Kaplicy św. Franciszka z Asyżu, obrazującej stosunek człowieka do przyrody, znajduje się obraz przedstawiający przyjęcie stygmatów przez św. Franciszka. Święty Franciszek swoją postawą uczy szacunku do wszystkich stworzeń i do całej przyrody. Jest on patronem ekologów. Ma przypominać wiernym o potrzebie miłości do przyrody, którą często bezmyślnie niszczymy.

Ostatnią jest Kaplica św. Michała. Na centralnym jej miejscu znajduje się rzeźba św. Michała Archanioła walczącego ze smokiem. Niebieski wojownik symbolizuje konieczność codziennej walki ze złem.

W górnej części świątyni znajdują się rownież dwie większe kaplice: Serca Pana Jezusa, nazywana także Kaplicą Miłosierdzia Bożego (w nawie wschodniej) oraz Kaplica Różańcowa (w nawie zachodniej).

Kaplica Serca Pana Jezusa znajduje się po prawej stronie. Można do niej wejść schodami z kościoła dolnego lub z nawy głównej bazyliki. Nad wejściem do kaplicy na początku 2009 r. zamontowano trzy witraże. Ukazano na nich wizerunki osób związanych z kultem Miłosierdzia Bożego. W centralnym punkcie znajduje się witraż poświęcony s. Faustynie Kowalskiej, apostołce Miłosierdzia Bożego. Po prawej stronie przedstawiona jest postać bł. ks. Michała Sopoćki, wieloletniego spowiednika siostry Faustyny. Trzecia postać to umieszczony po lewej stronie marianin, ks. Józef Jarzębowski, który propagował nabożeństwo Miłosierdzia Bożego. Jeśli chodzi o wnętrze kaplicy, to w centralnej jej części dominuje wielki, promienny krzyż, z wizerunkiem Chrystusa, inspirowanym obliczem z Całunu Turyńskiego. Przy ścianie bocznej można zobaczyć rzeźbę Chrystusa Miłosiernego. Przed wejściem pod witrażami stoją figury św. Faustyny i św. Judy Tadeusza.

Do Kaplicy Różańcowej można wejść, podobnie jak do Kaplicy Serca Pana Jezusa, z nawy głównej lub schodami z kościoła dolnego. Nad wejściem do kaplicy umieszczone są witraże, na których przedstawiona jest scena objawienia Maryi Mikołajowi Sikatce. Są tam też słowa: „Odmawiajcie Różaniec”, które mają być zachętą skierowaną przez Maryję do wiernych, aby praktykowali tę modlitwę. Scena objawienia otoczona jest obrazami przedstawiającymi poszczególne tajemnice Różańca. Posadzka w kaplicy także symbolizuje tajemnice różańcowe. Freski w tej kaplicy przedstawiają scenę objawień Mikołajowi Sikatce z 1850 r. w lesie grąblińskim.

Na północnej ścianie nawy wschodniej znajduje się fresk przedstawiający śluby Jana Kazimierza. Przedstawiona na fresku scena ślubów królewskich zwraca uwagę na szczególną rolę, jaką Matka Chrystusa pełni w dziejach narodu polskiego, jako jego Matka i Królowa.

Śluby króla stanowiły program wdrażania zasad Ewangelii w życie społeczne. Żołnierze kawalerii, którzy na fresku towarzyszą Janowi Kazimierzowi, ubrani są w charakterystyczne zbroje z husarskimi skrzydłami. Do tychże skrzydeł husarii nawiązują boki ławek znajdujących się w bazylice.

Po przeciwnej stronie znajduje się fresk przedstawiający Jana Paweł II w Licheniu. Przypomina on radosne chwile z dni 6-8 czerwca 1999 r., kiedy to licheńskie Sanktuarium gościło szczególnego pielgrzyma – Jana Pawła II. Ukazana jest scena, kiedy w czasie porannego nabożeństwa, 7 czerwca, Papież pobłogosławił budującą się świątynię i pielgrzymów przed nią zebranych.

Nad wschodnim wejściem, od strony portyku Ewangelistów, widoczny jest ołtarz z figurą Zmartwychwstałego Chrystusa. Fresk arkad wschodnich przedstawia Boga Ojca oczekującego Zmartwychwstałego Syna.

Na ścianach w nawie głównej rozmieszczone są stacje Drogi krzyżowej autorstwa Antoniego Cygana z Zabrza. Wszystkie stacje Drogi krzyżowej są tej samej wielkości, skomponowane w bardzo podobnych, fotograficznych ujęciach. Droga krzyżowa jest namalowana w wyciszonej, delikatnej kolorystyce. Nie błyszczy intensywnymi kolorami. Wymowny jest fakt, że tradycyjnym czternastu stacjom przedstawiającym skazanie, mękę i śmierć Pana Jezusa, towarzyszą jeszcze dwie stacje przybliżające tajemnice chwalebne: zmartwychwstanie i wniebowstąpienie Chrystusa. Ukazany jest w ten sposób koniec zbawczej misji Chrystusa na ziemi.

Ściany boczne świątyni dekorowane są licznymi figurami, ukazującymi wizerunki świętych.

Świątynię oświetlają kryształowe świeczniki, opierające się na figurze anioła.

 Organy

Dumą licheńskiej świątyni są organy. Noszą one imię Sługi Bożego Jana Pawła II. Dziś można już usłyszeć brzmienie całego instrumentu. Jego budowa w warstwie muzycznej została zakończona w drugiej połowie 2006 r. Organy zostały poświęcone przez biskupa Wiesława Meringa  2 lipca 2007 r., po wykończeniu zewnętrznych zdobień. W uroczystości tej uczestniczyło kilka tysięcy wiernych z całego kraju.

Koncepcję brzmieniową organów opracował profesor Andrzej Chorosiński, kierownik Katedry Organów i Klawesynu Akademii Muzycznej w Warszawie. Zgodnie z jego projektem na całość składają się trzy samodzielne instrumenty rozmieszczone w trzech punktach świątyni: boczne w nawach zachodniej i wschodniej oraz główne na chórze głównym nad wejściem do kościoła. Główny stół gry, połączony elektronicznie ze wszystkimi częściami organów, umożliwia grę na wszystkich instrumentach jednocześnie.

Takiego rozstawienia poszczególnych części wymagała wielkość świątyni. Instrument umieszczony tylko w jednym miejscu nie dostarczyłby takich wrażeń muzycznych. Wykonawcą całego instrumentu wraz z obudową są Zakłady Organowe "Zych" z Wołomina.

Jako pierwsze rozbrzmiały organy nawy zachodniej. Waga tej części organów wynosi 22 tony (z konstrukcją stalową 30 ton). Posiadają dwa manuały. Składają się z 51 głosów i 3712 piszczałek. Największa piszczałka ma 530 cm wysokości. Są one połączone (podobnie jak  inne części instrumentu) elektronicznie ze znajdującym się w prezbiterium stołem gry, który umożliwia grę na wszystkich częściach jednocześnie. Część zachodnia organów dobrze oddaje utwory muzyki dawnej oraz baroku.

Organy wschodnie ukończono w 2006 r. mają 8 głosów. Posiadają jeden manuał. W ścianach prospektu umieszczono 183 piszczałki. Ta część organów nie posiada stołu gry. Organista może grać bezpośrednio z głównego stołu gry lub na prowizorycznej klawiaturze podłączonej do mechanizmu organów.

W połowie 2006 r. zakończono prace przy organach głównych. Ważą około 50 ton i są wysokie na 13,25 m. 209 sztuk piszczałek w prospekcie organów głównych odlano z 90%-towej cyny. Stopień zawartości cyny jest istotny, od niego zależy wysokość dźwięku. Tu zainstalowana jest piszczałka z cyny, która jest największą tego typu piszczałką organową w Polsce. Jej średnica wynosi 31 cm, długość 783 cm, a waga około 150 kg. W organach głównych mieści się 6577 piszczałek. Instrument posiada 4 manuały. Część główna jest typowo symfoniczna, znakomicie oddaje utwory romantyzmu.

Doskonałym połączeniem współczesności i tradycji jest główny stół gry wyposażony w sześć klawiatur. W Europie są tylko cztery takie stoły. Stół połączony jest elektronicznie ze wszystkimi częściami instrumentu, dzięki temu organista może grać na wszystkich jednocześnie. Dodatkowo każdy instrument ma własny stół gry. To sprawia, że na organach może zagrać trzech muzyków jednocześnie. Nowatorskim rozwiązaniem jest urządzenie MIDI do nagrywania każdego impulsu dźwięku wydobywanego z organów, który później bez udziału organisty może być odtworzony. Przyozdobienie zewnętrznej strony organów stanowią złocone elementy snycerki, przedstawiające polskie kwiaty, rośliny i zioła, a także anioły grające na trąbce i skrzypkach.

Organy, przed oddaniem do użytku, zostały poddane ocenie specjalistów. Powołana została w tym celu komisja złożona z organistów, dyrygentów, organmistrzów i księży muzykologów z Polski, Niemiec i Włoch. Znawcy organowego brzmienia przyznali, że licheński projekt jest brzmieniowo bardzo nowatorski. Wielką niewiadomą było, jak zachowa się w akustyce bazyliki. Komisja przyznała, że mimo kilkunastosekundowego pogłosu instrument brzmi bardzo czytelnie.

Łącząc w całość wszystkie organy w bazylice, otrzymujemy liczbę 12 323  piszczałek i 157 głosów. Można z nich wydobyć ogromną liczbę kombinacji muzycznych.