Z racji przyjazdu Jana Pawła II do licheńskiego Sanktuarium, do istniejącego już klasztoru księży marianów dobudowano skrzydło, w którym na pierwszym piętrze przygotowano dla papieża apartament. Jego powierzchnia to 57,7 m². Składa się z pięciu pomieszczeń: jadalni (obecnie zamienionej na salę wystaw, gdzie można zobaczyć m.in. dary Jana Pawła II dla Sanktuarium), kaplicy, gabinetu, sypialni i łazienki. Na czas wizyty Ojca Świętego, w kaplicy znajdowało się tabernakulum umieszczone w małej drewnianej kapliczce. Na ścianie kaplicy umieszczono stacje Drogi Krzyżowej, namalowane na szkle. Meble stanowiące wyposażenie apartamentów papieskich, wykonane zostały z litego drewna dębowego bez użycia gwoździ - łączone „na jaskółcze pióro”. Meble te podarowali państwo Mirosława i Jacek Twarogowie, właściciele Fabryki Mebli „Ludwik Styl” z Rogoźna Wielkopolskiego. Księża marianie postarali się, by detale wyposażenia mieszkania przypominały Ojcu Świętemu o tym, że znajduje się w ojczyźnie. Zdjęcie małego Karolka Wojtyły z mamą ustawione na biurku w saloniku było wspomnieniem z dzieciństwa. Fotografie ukochanych polskich gór zawieszone na ścianach sypialni przypominały trasy dawnych wędrówek papieża.
       
Aktualnie apartamenty stanowią małe muzeum. Z roku na roku powiększa się zawartość biblioteki poświęconej Janowi Pawłowi II. W gablotach można ujrzeć książki o papieżu oraz dzieła jego autorstwa. Rośnie też zbiór pamiątek mających związek z Janem Pawłem II. Są tam między innymi: medale, monety, stemple okolicznościowe, znaczki pocztowe.
  
Jan Paweł II podczas swojej pielgrzymki do Lichenia podarował Matce Bożej, jako wotum, różaniec wykonany z pereł i złota oraz kielich i patenę. Te upominki, wraz z piuską z podpisem Jana Pawła II i stułą użytą w trakcie nabożeństwa w Licheniu, można zobaczyć podczas zwiedzania apartamentów.
  
Apartamenty papieskie to miejsce szczególne dla całego Sanktuarium. Są one pieczołowicie chronione przez księży marianów.
      
Apartamenty papieskie można zwiedzać cztery razy w roku, aby upamiętnić ważne rocznice w życiu Jana Pawła II oraz Polaków: